| 決勝 | |||||||
| 2006/12/29 (Fri) | Final | 会場：国立競技場 | |||||
| 63 | ガンバ大阪 | ２ | ０−０ １−１ ０−０ １−０ | １ | FC東京U-15むさし | ||
| 準決勝 | |||||||
| 2006/12/27 (Wed) | SemiFinal | 会場：西が丘サッカー場 | |||||
| 61 | FC東京U-15深川 | １ | ０−１ １−３ | ４ | ガンバ大阪 | ||
| 62 | SSS | ０ | ０−１ ０−２ | ３ | FC東京U-15むさし | ||
| 準々決勝 | |||||||
| 2006/12/25 (Mon) | QuarterFinal | 会場：名古屋市港サッカー場 | |||||
| 57 | 横浜F･マリノス追浜 | １ | ０−０ １−３ | ３ | FC東京U-15深川 | ||
| 58 | ガンバ大阪 | ４ | ２−０ ２−２ | ２ | 清水エスパルス | ||
| 会場：熊谷スポーツ文化公園陸上競技場 | |||||||
| 59 | サンフレッチェ広島 | １ | ０−０ １−１ ０−０ ０−０ ２PK４ | １ | SSS | ||
| 60 | FC東京U-15むさし | ３ | １−０ ２−０ | ０ | 栃木SC | ||
| ラウンド16 | |||||||
| 2006/12/23 (Sat) | Round16 | 会場：名古屋市港サッカー場 | |||||
| 49 | FC前橋 | ３ | ２−０ １−３ ０−０ ０−１ | ４ | 横浜F･マリノス追浜 | ||
| 50 | ガンバ大阪 | ６ | ４−０ ２−１ | １ | 西南FC U-15 | ||
| 会場：豊田市運動公園球技場 | |||||||
| 51 | FC東京U-15深川 | ２ | ２−１ ０−０ | １ | 柏レイソルU-15 | ||
| 52 | 清水エスパルス | ３ | ０−０ ３−０ | ０ | VALENTIA | ||
| 会場：熊谷スポーツ文化公園陸上競技場 | |||||||
| 53 | サンフレッチェ広島 | ３ | ３−０ ０−１ | １ | 日章学園中学校 | ||
| 54 | 徳島ヴォルティス | ２ | １−２ １−２ | ４ | FC東京U-15むさし | ||
| 会場：熊谷スポーツ文化公園補助陸上競技場 | |||||||
| 55 | 宮崎日大中学校 | １ | ０−２ １−１ | ３ | SSS | ||
| 56 | 栃木SC | ３ | １−０ ０−１ １−０ １−１ | ２ | ベガルタ仙台 | ||
| 予選リーグ | |||||||
| 2006/12/10 (Sun) | GroupA | 会場：佐賀県総合運動場陸上競技場 | |||||
| 1 | （全中優勝） 日章学園中学校 | ３ | ２−０ １−１ | １ | （東海2） 帝京大学可児中学校 | ||
| 2 | （東北3） 古河電池FC | １ | １−０ ０−２ | ２ | （関東4） FC前橋 | ||
| GroupB | 会場：高知県立春野総合運動公園陸上競技場 | ||||||
| 3 | （四国2） 愛媛FC | ０ | ０−１ ０−０ | １ | （JCY優勝） 横浜F･マリノス追浜 | ||
| 4 | （関西3） 京都パープルサンガ | ０ | ０−０ ０−２ | ２ | （中国2） サンフレッチェ広島 | ||
| GroupC | 会場：高槻市立萩谷総合公園サッカー場 | ||||||
| 5 | （東海4） 岐阜VAMOS | １ | １−１ ０−１ | ２ | （北海道1） SSS | ||
| 6 | （関西2） セレッソ大阪U-15 | １ | ０−０ １−２ | ２ | （関東5） FC東京U-15深川 | ||
| GroupD | 会場：藤枝総合運動公園サッカー場 | ||||||
| 7 | （九州2） 宮崎日大中学校 | ４ | ０−０ ４−０ | ０ | （東北2） 青森山田中学校 | ||
| 8 | （関東2） 柏レイソルU-15 | ３ | ０−０ ３−０ | ０ | （東海1） 東海大学翔洋中学校 | ||
| GroupE | 会場：高槻市立総合スポーツセンター陸上競技場 | ||||||
| 9 | （関東3） FC東京U-15むさし | ４ | ２−１ ２−０ | １ | （北信越2） FC CEDAC | ||
| 10 | （関西1） ガンバ大阪 | ７ | ２−０ ５−１ | １ | （北海道2） 帯広FC | ||
| GroupF | 会場：高知県立春野総合運動公園球技場 | ||||||
| 11 | （四国1） 徳島ヴォルティス | ４ | １−０ ３−０ | ０ | （全中準優勝） 那珂湊中学校 | ||
| 12 | （北信越1） ヘミニス金沢 | ０ | ０−１ ０−１ | ２ | （九州3） 西南FC U-15 | ||
| GroupG | 会場：藤枝市民グラウンド | ||||||
| 13 | （JCY準優勝） 清水エスパルス | １ | ０−１ １−０ | １ | （東北1） ベガルタ仙台 | ||
| 14 | （関西4） フレスカ神戸U-15 | ４ | ３−０ １−１ | １ | （九州4） カティオーラFC U-15 | ||
| GroupH | 会場：鳥栖スタジアム | ||||||
| 15 | （東海3） 名東クラブ | ０ | ０−３ ０−１ | ４ | （関東1） 栃木SC | ||
| 16 | （九州1） VALENTIA | １ | ０−０ １−２ | ２ | （中国1） サンフレッチェびんご | ||
| 2006/12/16 (Sat) | GroupA | 会場：佐賀県総合運動場陸上競技場 | |||||
| 17 | 日章学園中学校 | ３ | ２−０ １−０ | ０ | 古河電池FC | ||
| 18 | 帝京大学可児中学校 | ０ | ０−２ ０−１ | ３ | FC前橋 | ||
| GroupB | 会場：高知県立春野総合運動公園陸上競技場 | ||||||
| 19 | 愛媛FC | １ | ０−１ １−２ | ３ | 京都パープルサンガ | ||
| 20 | 横浜F･マリノス追浜 | ３ | １−０ ２−１ | １ | サンフレッチェ広島 | ||
| GroupC | 会場：高槻市立萩谷総合公園サッカー場 | ||||||
| 21 | 岐阜VAMOS | ０ | ０−０ ０−２ | ２ | セレッソ大阪U-15 | ||
| 22 | SSS | ２ | ２−０ ０−４ | ４ | FC東京U-15深川 | ||
| GroupD | 会場：藤枝総合運動公園サッカー場 | ||||||
| 23 | 宮崎日大中学校 | １ | １−０ ０−０ | ０ | 柏レイソルU-15 | ||
| 24 | 青森山田中学校 | ２ | ２−１ ０−２ | ３ | 東海大学翔洋中学校 | ||
| GroupE | 会場：高槻市立総合スポーツセンター陸上競技場 | ||||||
| 25 | FC東京U-15むさし | ３ | １−２ ２−４ | ６ | ガンバ大阪 | ||
| 26 | FC CEDAC | ３ | ２−１ １−０ | １ | 帯広FC | ||
| GroupF | 会場：高知県立春野総合運動公園球技場 | ||||||
| 27 | 徳島ヴォルティス | ２ | ２−０ ０−０ | ０ | ヘミニス金沢 | ||
| 28 | 那珂湊中学校 | １ | ０−０ １−０ | ０ | 西南FC U-15 | ||
| GroupG | 会場：藤枝市民グラウンド | ||||||
| 29 | 清水エスパルス | ２ | １−０ １−０ | ０ | フレスカ神戸U-15 | ||
| 30 | ベガルタ仙台 | ４ | ２−１ ２−１ | ２ | カティオーラFC U-15 | ||
| GroupH | 会場：鳥栖スタジアム | ||||||
| 31 | 名東クラブ | ０ | ０−０ ０−１ | １ | VALENTIA | ||
| 32 | 栃木SC | ４ | ２−０ ２−０ | ０ | サンフレッチェびんご | ||
| 2006/12/17 (Sun) | GroupA | 会場：佐賀県総合運動場陸上競技場 | |||||
| 33 | 日章学園中学校 | ０ | ０−１ ０−１ | ２ | FC前橋 | ||
| 会場：鳥栖スタジアム | |||||||
| 34 | 帝京大学可児中学校 | １ | ０−１ １−０ | １ | 古河電池FC | ||
| GroupB | 会場：高知県立春野総合運動公園陸上競技場 | ||||||
| 35 | 愛媛FC | ０ | ０−４ ０−３ | ７ | サンフレッチェ広島 | ||
| 会場：高知県立春野総合運動公園球技場 | |||||||
| 36 | 横浜F･マリノス追浜 | １ | ０−１ １−１ | ２ | 京都パープルサンガ | ||
| GroupC | 会場：高槻市立萩谷総合公園サッカー場 | ||||||
| 37 | 岐阜VAMOS | ２ | ０−２ ２−１ | ３ | FC東京U-15深川 | ||
| 会場：高槻市立総合スポーツセンター陸上競技場 | |||||||
| 38 | SSS | ３ | ０−１ ３−０ | １ | セレッソ大阪U-15 | ||
| GroupD | 会場：藤枝総合運動公園サッカー場 | ||||||
| 39 | 宮崎日大中学校 | １ | ０−１ １−１ | ２ | 東海大学翔洋中学校 | ||
| 会場：藤枝市民グラウンド | |||||||
| 40 | 青森山田中学校 | １ | ０−２ １−１ | ３ | 柏レイソルU-15 | ||
| GroupE | 会場：高槻市立総合スポーツセンター陸上競技場 | ||||||
| 41 | FC東京U-15むさし | ４ | ３−０ １−１ | １ | 帯広FC | ||
| 会場：高槻市立萩谷総合公園サッカー場 | |||||||
| 42 | FC CEDAC | ０ | ０−２ ０−１ | ３ | ガンバ大阪 | ||
| GroupF | 会場：高知県立春野総合運動公園球技場 | ||||||
| 43 | 徳島ヴォルティス | １ | １−２ ０−０ | ２ | 西南FC U-15 | ||
| 会場：高知県立春野総合運動公園陸上競技場 | |||||||
| 44 | 那珂湊中学校 | ３ | １−０ ２−２ | ２ | ヘミニス金沢 | ||
| GroupG | 会場：藤枝市民グラウンド | ||||||
| 45 | 清水エスパルス | ８ | ３−１ ５−０ | １ | カティオーラFC U-15 | ||
| 会場：藤枝総合運動公園サッカー場 | |||||||
| 46 | ベガルタ仙台 | ５ | ３−０ ２−１ | １ | フレスカ神戸U-15 | ||
| GroupH | 会場：鳥栖スタジアム | ||||||
| 47 | 名東クラブ | ０ | ０−０ ０−２ | ２ | サンフレッチェびんご | ||
| 会場：佐賀県総合運動場陸上競技場 | |||||||
| 48 | 栃木SC | １ | １−０ ０−２ | ２ | VALENTIA | ||